Deux ans ont passé depuis que Jesse redonné sa liberté à l'orque Willy et l'adolescent vit désormais heureux chez ses parents adoptifs Glenn et Annie. Alors qu'ils sont sur le point de partir en vacances dans le Pacifique voir Willy, Jesse apprend la mort de sa mère biologique et rencontre son demi-frère, Elvis, avec lequel il entretient une relation conflictuelle. Lorsqu'un pétrolier s'échoue dans la baie où Willy et sa famille sont installés, Jesse, Elvis et Nadine, la jeune fille dont Jesse est amoureux, vont tout faire pour les sauver de la marée noire et de la cupidité des hommes.