Au 4e siècle après Jésus Christ, l'Egypte est sous domination romaine et à Alexandrie la révolte chrétienne gronde. Menacée par la colère des insurgés, Hypathie, la brillante philosophe et astronome,s'interroge sur la place de notre planète dans le système solaire et tente de préserver les connaissances accumulées depuis des siècles avec l'aide de ses disciples. Deux homme se disputent son amour : le futur préfet Oreste et son esclave Davus déchiré par la perspective d'être affranchi si il rejoint les Chrétiens de plus en plus puissants.